понедельник, 29 июня 2020 г.

Галопом по Европам


Париж (Paris) - Вена (Vienna) - Копенгаген (Copenhagen) - Лондон (London) - Дублин (Dublin) - Цюрих (Zurich) - Брюссель (Brussels) - Лиссабон (Lisbon) - Берлин (переименован в Kitchener в 1916).
Все эти европейские столицы можно найти в Канаде, для этого, через запятую после названия города надо добавить ON (Онтарио), провинцию в которой мы проживаем.
За границу сейчас не выпускают, поэтому мы ударили автопробегом по этой географической путанице, с общей протяженностью маршрута более 600 километров. По пути заехали и на великие озера Эри и Гурон (желтые маркеры на карте), ну а на берегу озера Онтарио мы постоянно проживаем и видим его из нашего окна ежедневно, так что можно зачесть и 3 великих озера из 5 в этот же пробег. Зелеными маркерами отмечены пара городов, которые мы также посетили: Вудсток за название, а Стратфорд за красивый центр города.
Фотографий делали мало, больше наслаждаясь состоянием путешествия, ведь так приятно сейчас выехать куда либо.
Париж был первой точкой, чуть более часа езды, и на месте:
Через мост и сразу на центральную улицу:
Тут есть небольшой подвох, у большинства кафешек есть веранды над рекой, которые с фасада и не видно:
Наше фото на мосту, Полина в недоумении, видно не нашла Эйфелеву башню:
Центральный памятник в городе - рында, совсем рядом с парковкой:
Кофе варят вкусный, завтрак удался (это блог, а не инстаграм, фото еды не будет).

Дальше, Вена, настолько маленькая деревушка, что даже указатель не успели щелкнуть. Но есть "Венский собор":
Едем дальше на берег Эри, а там волны и песок взбаломученный:
Отдохнули в парке на озере, и дальше в путь. Копенгаген тоже мал, да и от поселения только вывеску и щелкать:
Лондоно уже большой город:

 и стоит на реке Темзе, через которую мост перекинут:
Темза, сэр:
Чудесный центральный парк в городе, с памятниками военной тематики:
Лондон изначально задумывался как столица Онтарио, но столицей стал Торонто. Город интересный, с музеями, спортивными командами, архитектурой, и явно заслуживает отдельной поездки.


Поужинали в Лондоне и двинули на ночлег в Вудсток.

На следующий день завтрак я задумал в Стратфорде, город с чудесным центром:
(фото взял с ресурса: https://queenofthesquare.ca/)
Мне же понравилась улочка со старыми магазинчиками, а один магазин понравился особенно (Dmitri's Shoe and Leather Repair):


Дублин проехали не снижая скорости, все три дома на улице промелькнули и глазом моргнуть не успели. Цюрих разочаровал, создалось впечатление вымирающей деревни, хотя тезка самому большому городу Швейцарии (не столице):
Тем не менее, швейцарские часы мы нашли на фасаде здания:
Ну а проехав совсем немного, достигли озера Гурон, с водой морского цвета:
На этом же озере неподалеку обнаружили курортное местечко, но в него мы поедем позже летом, когда вода согреется и опишем отдельно.
Следующий город на нашем пути Брюссель, маленький, но ухоженный:
Вместо знаменитых пивных, тут только ликеро-водочный магазин (LCBO):
Еще меньше оказался Лиссабон, опять только вывеску и щелкнул:
Следущий Берлин (нынче называется Китченер) меня разочаровал. Я раньше проезжал через него, и мне нравились симпатичные кирпичные домики и улочки, но в этот раз мы как то неудачно заехали, и центр был весь в ремонтах и безжизненный, так что фотографий не будет. Этот город много лучше, чем получился на фото в нашей поездке. Вернусь сюда на Октоберфест.
Ну а дальше один час и дома. Спасибо за внимание (а тойоте за комфортный автомобиль, не зря такой купил).

пятница, 1 мая 2020 г.

Внезапно, Перу...

Я публиковал ранее сравнение по числу случаев вируса дла Канады и России (ссылка). Графики все еще весьма близки (см. Рис ниже), только Россия отстает на 2 недели. Внезапно, Перу оказалась близка по статистике к России, опережая ее на неделю. Так что, можно строить предположение, что пика в следующую неделю для России не будет. В Канаде только на сегодняшний день начинает что-то снижаться. Значит, в России через 2 недели, не раньше. Буду следить за Перу, похоже только через 2 недели станет ясно, по Канадскому пути или по Перуанскому следует Россия.

Молчи в тряпочку (спасай человечество от ковида)

Сложно отрицать воздушно-капельный путь передачи вируса, а посему маски одна из мер по снижению риска заражения. Что важно помнить, что маска не 100% защита, она только снижет количество микрочастиц. Хорошая маска снижает в 20 раз, плохая и в 2 раза может не снизить.
Я призываю задуматься не только о качестве масок, но и о количестве вируса. Ведь если 100 тысяч частиц снизить в 20 раз, это все равно 5 тысяч пройдут. То есть, надо не только маску носить в любом месте, где собираются 2 и более человек, но и оценивать насколько помещение может быть заражено. Разумные предположения: меньше народу в комнате - лучше, меньше шансов, что кто-то болеет. Проветривание - лучше чем закрытое помещение.
Есть видео (6 минут), оно из Японии и на английском, но даже без перевода на русский по видеоряду видно, что один человек "рассевает" микрокапли по всей комнате: сопливое видео (я предупредил).
Важный момент, который был в видео, где двое сидели и разговаривали, видно, что куча микрокапелек летит с голосовых связок. По сути, связки - это струны с высокой частотой колебаний, и с этих "струн" и летит содержимое носоглотки в собеседника. Так, известен случай массового заражения участников хора. Громче голос - больше брызг. Поэтому, молчание - золото.
И да, проветривание в общественных местах должно быть введено как правило. Я езжу по лабораториям в госпиталях по своей работе. Но чувствую себя более защищенным, чем при походе по магазинам. В лабораториях обязательна хорошая вентиляция. А совсем плохой случай - это куча людей без вентиляции. Пример мясокомбинатов в Канаде это наглядно продемонстрировал, сотни людей заразились.

четверг, 16 апреля 2020 г.

Как работает тест на вирус

картинка отсюда: ссылка

Тест на вирус сейчас проводят методом RT-PCR, инструмент для которого можно видеть на картинке справа. В этот инструмент закладываются пробирочки в которые помещают специальные (и очень дорогие) реагенты и сами образцы от пациентов. Образцы берут из смывов с палочек (по центру), а палочки - это то, чем лезут в рот или нос для забора материала на тестирование. Как видно, тестирование - многоэтапный процесс, и каждый шаг влияет на конечный результат.
Много критики получили Российские тесты, так как много ложноотрицательных, то есть тест говорит что вируса нет, когда он есть и человек уже заражен и может распространять заболевание. И тут важным критерием для оценки качества теста является его чувствительность: сколько вирусных частиц в одном микролитре образца возможно обнаружить. Для тестов от Российской компании "Вектор" заявленная чувствительность 100 частиц (из источника: https://pcr.news). Заявленные характеристики для зарубежных тестов выглядят лучше: 10 частиц на микролитр (ссылка на статью). Кажется, что пора кричать караул, в 10 раз наш тест хуже. Да, по показателю чувствительности тест хуже. Но дело в том, что и при лучшей чувствительности зарубежных тестов до 30% результатов могут быть ложноотрицательными. Сам RT-PCR тест, это шаги, которые проходят на этапе от пробирок к инструменту (см. Рис). А большинство ошибок при анализе идет на стадии пробоодбора и пробоподготовки. То есть, если все делать правильно, и понимая суть происходящих процессов, то и 100 копий на микролитр будет достаточно.
Например, для сдачи теста в Канаде не рекомендуют есть или пить за несколько часов то отбора пробы из горла, чтобы не уменьшить концентрацию вируса на поверхности. Материал палочек и состав раствора в пробирке куда помещают палочку после отбора пробы тоже важен, можно потерять до 90% образца если выбрать неподходящий набор. Время и условия транспортировки и хранения также важны, понятно, что образцы нужно охлаждать, но если они в обычном физрастворе, то вирус разваливается, а вот в дорогой питательной среде с ингибиторами может храниться многие дни. Потом можно вспомнить о качестве лабораторных пробирок и пипеток, их изготавливают из пластика, и для одних марок можно получить 90-99% того, что поместил в пробирку, а для других, увы, много меньше, часть образца теряется/прилипает на стенках.
То есть, взяли тест у человека без симптомов, который сошел с трапа самолета. А он, хоть и заразился, но еще не успел получить каких-либо значимых количеств частиц вируса на поверхности носоглотки, да еще и попил кофе перед посадкой, смыв последние остатки вируса. Забор мазка из горла провели ватной палочкой, и поместили ее в обычный физраствор: сразу потеряв на этом шаге большинство вирусных частиц. Сумка-холодильник для перевозки образцов была переполнена, и вместо +4, как положено, в центре сумки было +12, еще часть образца вируса потеряно за время перевозки, а так как тестов много, то анализировали его через 2 суток, опять потери. Затем, тест-набор включает реактивы только для последней стадии, а набор для выделения РНК и перевода в ДНК нужно использовать от сторонних фирм. Обычно западные фирмы. Но, из за простоев на таможне и сроков поставки в Россию, часто те же реактивы, что и на Западе, доезжают с нарушениями условий хранения (попросту не охлаждаются, или наоборт, замораживаются до льда, а потом размораживаются), опять качество пробоподготовки страдает. Пластиковую посуду: носики для пипеток и пробирки, по конкурсу вынуждены были закупить самую дешевую, а не ту, которая имеет низкое связывание с РНК, то есть, на стенках пластиковой посуды оставим еще половину образца. После этого, хоть западный тест, хоть Российский ничего не покажет, даже если человек заражен.
В общем, микроскопом не надо забивать гвозди. Есть супер-микроскопы, в 10 раз лучшей разрешающей способности, чем самый первый из 17-го века. Но Левенгук и на самом простом разглядел бактерии. Вирус не разглядеть в оптический микроскоп (только в электронный), а потому нужны методы молекулярной биологии, такие как RT-PCR. Но наличие самого выдающегося метода, самого чувствительного и быстрого, еще не гарантирует результата. Пробоотбор и пробоподготовку делают люди. А вот насколько грамотно они это делают, это и вопрос к министерству здравоохранения и к министерству образования, а в конечном счете к ответственным за бюджет, которые на этих статьях и экономят в первую очередь.

пятница, 3 апреля 2020 г.

Россия - Канада

Увы, не хоккей, а официальная статистика заболевших COVID-19
Решил на одном графике посмотреть динамику числа заболевших от даты, когда число заболевших превысило 100 человек. Россия отстает от Канады на 6 дней.
Красные столбцы: Россия, синие: Канада
По данным с сайтов:
стопкоронавирус.рф
canada public health

Картинка таблички с цифрами:

понедельник, 30 марта 2020 г.

Маски носить нужно

картинка с ресурса: https://medium.com/

Еще один миф, что маски не помогают. Да, на 100% они не защитят. Но, даже если защита сработает в 50% случаев, то это уже огромная польза в борьбе за нераспространение вируса.
100% защита - это сидеть дома и ни с кем не общаться. Но если надо куда то выйти, по совсем уже неотложным делам, то надевайте маску. По модельным (данные не основаны на реальных случаях, а рассчитаны теоретически) рассчетам, риск подцепить заразу в 2-4 раза меньше, если вы в маске. И если в маске, дистанцию в 2 метра все еще нужно выдерживать.



воскресенье, 29 марта 2020 г.

О тестировании

Время, когда говорили, что коронавирус не опаснее гриппа прошло. Теперь в моде рассуждения о тестировании. От врачей подслушали, а теперь повторяют, что если все население протестировать, то ложноположительные случаи переполнят больницы и ничего хорошего не будет.
Что такое ложноположительный результат. Любой диагностический тест характеризуется чувствительностью и специфичностью (краткая лекция). Идеального 100% верного результата не бывает, какие-то результаты говорят, что пациент болен, в то время как на самом деле он здоров. Это и есть ложноположительные. Так вот, если тест выдает 20% ложноположительных результатов, то путем нехитрой математики можно получить, что при тестировании 145 миллионов россиян получим 29 миллионов ложных результатов, когда больных при этом может быть всего десятки тысяч. Звучит убедительно, что всех тестировать не надо.
Начнем по порядку:
1) Всех протестировать невозможно, в день в России делают порядка 20 тысяч тестов. Такими темпами 20 лет займет.
2) Это врачам клиники и реаниматологам тесты с ложноположительными не нужны, а вот врачам эпидемиологам и санэпидем. врачам очень даже нужны. Представим, что по взмаху волшебной палочки все тесты сделаны. Вызывает их мэр/губернатор/премьер и спрашивает, кого сажать на строгий карантин? Всю же страну не посадишь по домам. А тут, бац, всех и не надо, а только 29 миллионов из 146. А остальные 117 миллионов могут пока на работу ходить, экономику спасать.
3) Если тест определяет заболевших, и тест позволяет их изолировать, то это остановит эпидемию. Достаточно удалять 2 заболевших из 3, чтобы эпидемия погасла. Так что, если тест находит 2 заболевших из 3, то это очень полезно. А ложноположительные пусть по домам посидят. Лучше каждого пятого дома запереть, чем всю страну, всех поголовно.

На мой взгляд, ложноотрицательные результаты намного страшнее, а ложноположительные, они даже по названию, положительные какие-то.
А тесты нужны, я вам как химик-аналитик, кто всю жизнь тестами занимается, говорю.